Nachdem Itachi mit Madara aus Konoha geflohen ist, wird er Mitglied der Organisation Akatsuki, die Madara vor langer Zeit gegründet hat. Wie es bei Akatsuki üblich ist, ist auch Itachi in einem Zweier-Team und zwar mit Kisame Hoshigaki, der ihn sehr respektiert und für ihn eine Art Berater ist. Die Beiden kehren im Auftrag von Akatsuki nach Konohagakure zurück, um mehrmals zu versuchen Naruto Uzumaki, in dem der Kyūbi verborgen ist, zu entführen, was ihnen aber nicht gelingt. Jedoch erfährt man später, dass es Itachis Hauptvorhaben war, dem Rat von Konoha nach dem Tode Sarutobis zu signalisieren, dass er immer noch zugegen ist, um Sasuke zu beschützen.
Als Itachi neu zu Akatsuki kommt, wird er sofort Opfer von Orochimarus Begierde. Dieser hat schon lange von der Fähigkeit des Sharingan geträumt und versucht schließlich, Itachis Körper und somit auch sein Mangekyō Sharingan zu übernehmen. Jedoch gelingt Orochimaru dies nicht und er wird von Itachi in einem Kampf besiegt. Dies treibt Orochimaru schließlich auch dazu, Akatsuki zu verlassen.
Als sich dann das Team Kakashi dem Akatsukiversteck nähert, um Gaara zu retten, stellt sich ihnen Itachi entgegen, damit die Bijū-Extraktion vollendet werden kann und wird von Naruto getötet. Jedoch stellt sich heraus, dass es nur eine Kopie von Itachi war, erzeugt vom Akatsukianführer.
Es ist noch nicht ganz klar, warum sich Itachi Akatsuki angeschlossen hat und ob dies mit Madaras Vorhaben bezüglich Sasuke zusammenhängt.
